To Ζάννειο Ίδρυμα Παιδικής Προστασίας στηρίζεται αποκλειστικά σε δωρεές των Εταίρων του, σε ιδιώτες δωρητές και στα έσοδα από τη διαχείριση της ακίνητης περιουσίας του. Όλοι οι πόροι διατίθενται για την υλοποίηση των δράσεών του όπως αυτές καθορίζονται από το καταστατικό του.