Η Σύμβαση για τα Δικαιώματα των Παιδιών, η οποία ψηφίστηκε από την Γενική Συνέλευση των Ηνωμένων Εθνών στις 20 Νοεμβρίου 1989, και επικυρώθηκε και από την Ελλάδα, αποτελεί βασικό οδηγό για τη διαμόρφωση των δράσεων του Ιδρύματος.
Ο σεβασμός στο βέλτιστο συμφέρον του παιδιού αποτελεί δέσμευση και καθορίζει το σχεδιασμό του βραχυπρόθεσμου και μακροπρόθεσμου πλάνου δραστηριοτήτων του Ζαννείου το οποίο στοχεύει στην ενδυνάμωση των παιδιών μέσα από την υποστήριξη της εκπαίδευσης, τον περιορισμό της φτώχειας ως παράγοντα περιθωριοποίησης και την προώθηση των δικαιωμάτων τους.
Η συμμετοχή των παιδιών είναι καθοριστικής σημασίας για την αξιολόγηση και την διαμόρφωση των δράσεων του ιδρύματος. Στο νέο πρότυπο φορέα παιδικής προστασίας που έχει εξελιχθεί πλέον το Ζάννειο, τα παιδιά έχουν ουσιαστικό λόγο στο σχεδιασμό των δράσεων και οι συνέργειες που προκύπτουν αποσκοπούν ακριβώς σε αυτό. Η φωνή των παιδιών να ακούγεται δυνατά και καθαρά προκειμένου να διαμορφώνεται ένα περιβάλλον ανάπτυξης που να είναι ασφαλές και δημιουργικό για τα παιδιά και να υποστηρίζει τις οικογένειες για ένα βιώσιμο και παραγωγικό μέλλον.